Ο καθαρισμός των βοθρολυμάτων είναι η επεξεργασία των βοθρολυμάτων με σκοπό τη καταστροφή ή διάσπαση από αυτά των επικίνδυνων ουσιών. Ο καθαρισμός των βοθρολυμάτων είναι δύσκολο έργο. Εδώ, όπως και σε κάθε παραγωγή, υπάρχουν οι πρώτες ύλες (τα βοθρολύματα) και έτοιμα προϊόντα (το καθαρισμένο νερό και η κατεργασμένη ενεργός ιλύς). Υπάρχουν οι μηχανικές, χημικές, φυσικό- χημικές και βιολογικές μέθοδοι του καθαρισμού των βοθρολυμάτων. Όταν τις εφαρμόζουν μαζί, τότε η μέθοδος του καθαρισμού και απολύμανσης των βοθρολυμάτων λέγεται ενιαία μέθοδος.
Η εφαρμογή αυτής ή άλλης μεθόδου σε κάθε συγκεκριμένη περίπτωση καθορίζεται από το βαθμό της μόλυνσης και από το βαθμό των επικίνδυνων προσμίξεων. Η ουσία της μηχανικής μεθόδου συνίσταται στην διάσπαση των μηχανικών προσμίξεων από τα βοθρολύματα με τον τρόπο του φιλτραρίσματος.. Τα ογκώδη σωματίδια διασποράς ανάλογα με τα μεγέθη διαχωρίζονται δια μέσου των σχαρών, και συλλέγονται από τους διαχωριστές των κάθε είδους λιπασμάτων.
Ο μηχανικός καθαρισμός επιτρέπει να διαχωρίζει από τα βοθρολύματα έως 60-75% αδιάλυτων προσμίξεων. Η χημική μέθοδος συνίσταται στο εξής: στα βοθρολύματα προσθέτουν διάφορα χημικά αντιδραστήρια , τα οποία συγκρούονται με τα μολυσμένα σωματίδια και τους αναγκάζουν να κατακάθονται σε μορφή αδιάλυτων καθιζήσεων. Στην δική μας περίπτωση αυτή η μέθοδος πρακτικά δεν εφαρμόζεται.
Από τις φυσικό- χημικές μεθόδους διαχωρίζουμε την μέθοδο της απολύμανσης δια ηλεκτρικού παλμού, και επιπρόσθετος καθαρισμός, χωρίς την χλωρίωση. Τα βοθρολύματα καθαρίζουν επιπρόσθετα με την βοήθεια του υπέρηχου και του όζοντος.
Μεταξύ των μεθόδων του καθαρισμού των βοθρολυμάτων πρωτεύοντα ρόλο έχει ο βιολογικός καθαρισμός, βασισμένος στην χρησιμοποίηση των κανόνων του βιοχημικού και φυσιολογικού αυτοκαθαρισμού των ποταμών και κοιλάδων.
