Οι Compact βιολογικοί αντιδραστήρες σχεδιάστηκαν για να λειτουργούν με το σύστημα διακεκομμένου αερισμού (Sequence Batch Reactor , SBR ). Τα συστήματα SBR βασίζονται στην μέθοδο της ενεργού ιλύος με κύριο χαρακτηριστικό την διακοπτόμενη (ημισυνεχή) τροφοδότηση της δεξαμενής και την εφαρμογή χρονικά διακριτών φάσεων λειτουργίας προς επίτευξη της επιθυμητής επεξεργασίας. Το πλεονέκτημα αυτής της μεθόδου έγκειται στην εύκολη προσαρμογή της με κατάλληλες τροποποιήσεις – κύριος ρύθμιση του κύκλου λειτουργίας των διεργασιών – ώστε να εναρμονίζεται σε διαφορετικούς τελικούς στόχους καθαρότητας του προϊόντος. Οι μονάδες που απαρτίζουν το σύστημα SBR και εκείνες με τις οποίες σχεδιάζονται τα συμβατικά συστήματα ενεργού ιλύος είναι πανομοιότυπες. Ωστόσο η βασική διαφορά μεταξύ των δύο συστημάτων είναι ότι ενώ στα συμβατικά συστήματα οι διεργασίες γίνονται εν σειρά σε ξεχωριστές δεξαμενές, στα συστήματα SBR οι διεργασίες γίνονται διαδοχικά στην ίδια δεξαμενή.